智能科學與工程系下設計算機科學與技術、網絡工程、智能科學與技術、計算機科學與技術（中德合作2+3）、計算機科學與技術（專升本）、信息安全與管理專業(專科，中韓合作培養1.5+1.5)等6個專業。
本系現有教師39人，其中，教授6人，副教授10人，高級工程師1人，高級實驗師1人，具有博士學位的教師15人，碩士學位以上的教師占92.3%，學生850余人。
本系立足學校“地方性、應用型、國際化”的辦學定位，圍繞安徽省信息技術產業，深化產教融合，探索新工科專業建設，積極開展教學改革，與德國、韓國、愛爾蘭等國外高校合作辦學，教改成果顯著，例如：2009年計算機科學與技術專業獲評國家級二類特色專業，2015年網絡工程專業獲安徽省 “專業綜合改革試點”項目，2015年計算機科學與技術專業獲批省卓越人才教育培養計劃， 2009年獲得國家級教學成果獎二等獎， 2012年獲省級教學成果獎二等獎，2014年獲國家級教學成果獎一等獎，2018年獲國家級教學成果獎一等獎和省級教學成果特等獎，2019年計算機科學與技術專業獲批為“國家級一流專業建設點”。
本系學生在專業競賽表現突出，大學生創新創業項目豐富。近三年，在重要學科競賽中共獲獎項287項，其中國際級7項，國家級62項，省級218項，獲批大學生創新創業項目190余項，其中國家級60余項，其余均為省級。
本系畢業生就業率和專業對口率高，如：2019年畢業生就業率達99.48%。專業對口率高，約有95%以上的學生在企業就業，并從事與專業相關的工作；省內就業占主導，67%以上的學生在合肥市就業，75%在省內就業；用人單位反映：畢業生基礎扎實，工程能力強，業務水平高；具有良好的團隊協作和敬業奉獻精神，創新意識和社會責任感強、綜合素質高，滿意度為96.10%。
近三年境內、外升學人數分別為38人和5人。平均升學率12.2%。至2019年底，共有35名學生在德國完成碩士或博士階段學習。部分畢業生考入北京大學、中國科學技術大學、北京郵電大學、南京郵電大學、合肥工業大學和安徽大學等研究生。
近三年，本系質量工程項目申報獲批29項，發表教研論文18篇；獲得縱向科研項目45項，總經費600余萬元。橫向項目24項，共計370余萬元。公開發表科研論文高質量論文23篇，其中：11篇SCI，11篇EI,1篇CSCD，獲得專利和軟件著作權等共52項。